MBBR'nin temel tasarım fikri, tıkanmadan, geri yıkamadan, düşük yük kaybıyla ve geniş spesifik yüzey alanıyla sürekli çalışabilmektir. Bu, reaktördeki su akışıyla birlikte serbestçe hareket eden daha küçük taşıyıcı birimler üzerinde büyüyen biyofilm ile sağlanabilir. Aerobik reaktörlerde taşıyıcı havalandırmayla hareket ettirilir ve anoksik/anaerobik reaktörlerde taşıyıcı mekanik çalkalamayla hareket ettirilir. Reaktördeki ambalaj malzemesi kaybını önlemek için reaktör çıkışına gözenekli bir filtre yerleştirilebilir (Şekil 1). MBBR'ler genellikle dikdörtgen veya silindir şeklindedir. Dikdörtgen reaktör, tankın uzunluğu boyunca bölmeler bulunan birkaç bölmeye eşit olarak bölünmüş veya hiç bölmeye bölünmüştür. Genel olarak reaktörde su akışı itmeli akış halindeyken, her hücrede havalandırma akışkanlaştırması nedeniyle su akışı tamamen karışır. Tank, özgül ağırlığı suya yakın ve geniş özgül yüzey alanına sahip polietilen veya polipropilen süspansiyon dolgusu ile doldurulur ve reaktördeki biyofilm bağlanma yüzeyi 500 m2/m3'e ulaşabilir ve gerçek özgül yüzey alanı (kabin iç yüzeyi) dolgu) 350 m2/m3’tür. Delikli havalandırma borusu, salmastranın tank içerisinde dolaştırılması için bir taraftan havalandırılır. Silindirik reaktörün tabanı mikro gözenekli bir havalandırma başlığı ile donatılmıştır. Ayrıca bazı reaktörlerde tankın tabanında sadece havalandırma cihazı değil aynı zamanda karıştırma cihazı da bulunmaktadır. Bu karıştırma cihazları, reaktörün anoksik koşullarda kolayca ve esnek bir şekilde kullanılmasına olanak tanır. Bazen havalandırmadan kaynaklanan havanın soyulması ve buharlaşmasını önlemek amacıyla reaktörün üstüne bir kapak eklenebilir.
Yabancı ülkelerde evsel atık su ve bazı endüstriyel atık suların arıtımı konusunda küçük ölçekli, pilot ölçekli ve verimli çalışmalar yürütmek amacıyla MBBR kullanılmış ve iyi sonuçlar alınmıştır. Test sonuçları, hareketli yataklı biyofilm atıksu arıtma prosesinin orta ve küçük evsel atıksu ve endüstriyel organik atık suyun arıtımı için uygun olduğunu göstermektedir. Bunlar arasında, entegre veya gömülü kanalizasyon arıtma cihazlarının Çin'de tanıtım ve uygulama açısından iyi bir potansiyeli bulunmaktadır. Bununla birlikte, hareketli yataklı biyofilm reaktörlerinde, ambalaj malzemesinin reaktör içindeki düzensiz hareketi ve tanktaki değişen derecelerde ölü bölgeler gibi bazı sorunlar hala mevcuttur. Reaktördeki hidrolik akış özelliklerinin nasıl iyileştirileceği ve işletme enerji tüketiminin nasıl azaltılacağı, hareketli yataklı biyofilm reaktörlerinin geliştirilmesinde derinlemesine tartışmaya değer bir sorundur. MBBR'nin SBR ile aynı şekilde çalışması, hem MBBR'nin hem de SBR'nin avantajlarını taşıyan Hareketli Yatak Sıralamalı Toplu Biyofilm Reaktörü (MBSBBR) olarak adlandırılan MBBR teknolojisinin geliştirilmiş halidir. Bir diğer gelişme ise hem MBBR hem de iç sirkülasyonlu reaktörlerin avantajlarına sahip olan ve döngüsel mobil taşıyıcı biyofilm reaktörü olarak adlandırılan reaktör içerisinde ambalaj malzemesinin su akışı ile sirküle edilmesidir.